Illustratorでガイドがずれてしまって合わせれないことがありました。
他の方が作成されたファイルだったのですが、よく調べてみるとドキュメントの「アートボード」の始点の位置が、おかしな数値になっていました。
そのまま修正するとドキュメント以外のトンボやガイドが、ずれたままになってしまいますので、
・全てをロック解除
・ずれている数値分、オブジェクト、ガイド全てを移動する。
・全てをロック
・アートボードの数値を修正
したところ、ガイドが正常に戻りました。
単純にドキュメントのルーラーをゼロに合わせても直らないので注意が必要ですね。。。